In Indonesien, einem tropischen Hotspot der Artenvielfalt, gibt es viele endemische Arten. Indonesien ist eine riesige Region und ein Land nördlich von Australien und südöstlich von Südostasien. Es besteht aus 17.508 Inseln, die in Archipelen angeordnet sind. Die größten sind Neuguinea, Borneo, Sumatra, Sulawesi, Flores und Timor. Neuguinea, Borneo und Sumatra sind die zweit-, dritt- und sechstgrößten Inseln der Welt und umfassen zusammen mehr als 800.000 Quadratmeilen. Die Isolation der vielen Inseln Indonesiens trägt zu seiner Artenvielfalt bei, da sich auf jeder Insel verschiedene Arten differenzieren und von Raubtieren auf dem Festland isoliert sind.
In Indonesien gibt es zwei zoogeografische Hauptzonen: Sundaland im Westen und Wallacea im Osten. Diese werden durch die Wallace-Linie geteilt, eine imaginäre Linie, die zwischen Borneo und Sulawesi verläuft. Westlich der Linie finden sich vor allem mit Asien verwandte Arten, im Osten australische Arten. Insgesamt ist etwa die Hälfte Indonesiens unbewohnt und besteht hauptsächlich aus Regenwald.
In Sundaland gibt es 381 einheimische Säugetierarten, von denen 173 endemisch sind. Während vergangener Eiszeiten war der Meeresspiegel in der Region so niedrig, dass Tiere vom asiatischen Festland zu den Inseln gelangen konnten. Daher sind hier Tiger, Nashörner, Elefanten und Leoparden zu finden. Die bekannteste in Indonesien endemische Art, der Orang-Utan, kommt auf Borneo und Sumatra vor, wo sie zwei eigenständige Arten bilden. Diese orangefarbenen Menschenaffen sind hochintelligente Werkzeugnutzer, sind jedoch durch menschliche Aktivitäten und die Zerstörung ihres Lebensraums gefährdet. Der wunderschöne Sumatra-Tiger, die kleinste Tigerart, kommt in den Ionzonen oberhalb der Insel vor, wo es nur 500 Individuen gibt.
Zwei weitere in Indonesien endemische Arten sind das Sumatra- und das Java-Nashorn, zwei der weltweit seltensten und am stärksten gefährdeten Großsäugetierarten. Sie werden seit langem wegen ihrer Hörner gejagt, die in der chinesischen Medizin einen hohen Stellenwert haben. Es gibt nur etwa 300 Sumatra-Nashörner und nur 60 Java-Nashörner. Es sind erhebliche Erhaltungsmaßnahmen erforderlich, um sicherzustellen, dass diese Arten ihre Populationen erholen. Der Prozess könnte Jahrhunderte dauern.
Andere in Indonesien endemische Arten kommen in Wallacea vor, der Region östlich der Wallace-Linie. In Wallacea gibt es 126 endemische Arten, darunter sieben Makakenarten, fünf Koboldmakiarten, die Anoa, eine seltene Untergattung des Büffels, und die Babirusa, ein schweineähnliches Tier mit zwei Sätzen gebogener Hörner. Auf der Insel Neuguinea leben in Indonesien endemische Arten wie das seltene Goodfellow-Baumkänguru, zahlreiche Nagetierarten, von denen einige bis zu einem Fuß lang sind, der wunderschöne Papua-Nashornvogel und der berühmte Komodowaran, die größte lebende Eidechse. groß . Da die einzigen einheimischen Plazenta-Säugetiere Fledermäuse und Mäuse sind, haben andere Arten wie der Komodowaran die Nischen übernommen, die sonst von großen Plazenta-Säugetieren übernommen worden wären.